Практически сразу после вхождения территории Северного Кавказа в состав Российской империи в пределах современной Карачаево-Черкесии были обнаружены древние христианские храмы. Сохранившиеся храмы были возведены приблизительно в X веке, два из них — Северный (Георгиевский) и Средний (Троицкий), — являются прекрасными образцами храмовой византийской архитектуры того времени. Южный храм (Пророка Илии) — наиболее архаичный, отличающийся также и меньшими размерами, возможно, самый древний из трех храмов.
В XV веке, после нашествия на эту землю полчищ знаменитого завоевателя Тимура, город, в пределах которого находились древние храмы, практически престал существовать
В 1886 г. в эти места, к тому времени уже поросшие вековым лесом, к полуразрушенным храмам, приехали несколько русских монахов с греческого Афона. С этого времени начинается история образования здесь мужского монастыря «Общежительной Свято-Александро-Невской Зеленчукской Пустыни». Монахами обители были полностью восстановлены два храма — Ильинский (Южный) и Троицкий (Средний), возведены доныне сохранившиеся братские корпуса.
Монастырь жил по Афонскому уставу; как и на Афоне, здесь существовали несколько родов монашеского жительства. Вокруг монастыря, на склонах гор, найдено около 6о келий, часть из которых построена совершенно уединенно, часть образуют скиты (несколько расположенных рядом келий, иногда с небольшим храмом или часовней). Большая часть келий теперь почти полностью разрушена. Известно, что в монастыре подвизались затворники.
После восстановления монастыря, он был освящен в память благоверного Великого князя Александра Невского.
Сложилась традиция ежегодно совершать престольный день обители в день преставления святого.
В день памяти Александра Невского Божественную литургию в Ильинском храме обители в сослужении настоятеля — иеромонаха Елевферия (Казакова) совершил благочинный Южного Карачаево-Черкесского церковного округа протоиерей Евгений Субтельный.
По окончании Божественной литургии прихожане обители и паломники были приглашены на братскую трапезу.
